山下 理宇

医学・生物学から日々生み出されるデータ量は、コンピュータの計算能力を凌駕する勢いで生産され続けてきています。これらの大量のデータを統合して新知識を導き出すことは、既存の医学・生物学の知識の組み合わせが不可欠です。現在、効率の良い解析パイプラインを構築するだけでなく、そこから状況に応じて情報抽出方法を最適化するなど大量データから有意義な情報の抽出を目指しています。

職名

• トランスレーショナルインフォマティクス分野　ユニット長
• 東京大学大学院　新領域創成科学研究科　メディカル情報生命専攻　情報生命科学群　がんメディカルインフォマティクス分野　客員准教授
• 東京理科大学大学院　生命科学研究科　生命科学専攻　分子病態学専攻分野　客員教授

専門領域

分子生物学、バイオインフォマティクス

Key word

がん変異、転写・翻訳制御、データベース、non-coding RNA、メタゲノム解析、空間オミックス

現在の主な研究テーマ

• AIを用いた、医学・生物学ビッグデータ統合解析による新知識の発見
• 空間オミックス解析ツール開発と大規模データへの応用
• 転写・翻訳制御機構から迫るがんの発生・進行メカニズムの解明
• メタゲノム解析技術を用いた、がんと微生物叢の統合解析

共同研究が可能なテーマ

• ゲノム解析
• メタゲノム解析
• 転写・翻訳制御解析
• バイオインフォマティクス解析
• マルチオミックス解析
• 空間オミックス解析

メールアドレス

riuyamas●east.ncc.go.jp（●は@に置き換えてください）

略歴

• 1997年　東邦大学理学部生物学科卒業
• 2002年　奈良先端科学技術大学院大学バイオサイエンス研究科博士後期課程単位取得退学
• 2002年　東京大学情報理工学研究科　科学技術振興特任研究員
• 2005年　奈良先端科学技術大学院大学バイオサイエンス研究科博士号（バイオサイエンス）取得
• 2005年　東京大学医科学研究所　ヒトゲノム解析センター　特任助手
• 2007年　東京大学医科学研究所　ヒトゲノム解析センター　特任助教
• 2008年　東京大学医科学研究所　フロンティア研究拠点　特任助教
• 2012年　東北大学 メディカル・メガバンク機構　ゲノム解析部門　准教授
• 2015年　東北大学 メディカル・メガバンク機構　バイオバンク部門　准教授
• 2018年　現職

主な所属学会

• 日本分子生物学会
• 日本癌学会
• JSBi学会
• メディカルAI学会

Publications

1. Nagasaki M, Katayama T, Moriya Y, Sekiya Y, Kawashima S, Teraoka R, Machida S, Matsubara T, Hashimoto H, Asakura A, Nagano A, Yamashita R, Takada T, Mitsuhashi N, Kamada M, Ohkawa Y, Tokunaga K, Kawai Y; Variant Information Standardization Collegium., JoGo 1.0: the ACTG hierarchical nomenclature and database covering 4.7 million haplotypes across 19,194 human genes., Nucleic Acids Res. 2025 Nov 29:gkaf1232.
2. Kiguchi Y, Hamamoto N, Kashima Y, Runtuwene LR, Ishizaka A, Kuze Y, Enokida T, Tanaka N, Tahara M, Kageyama SI, Fujisawa T, Yamashita R, Kanai A, Tuda JSB, Mizutani T, Suzuki Y., Giant extrachromosomal element "Inocle" potentially expands the adaptive capacity of the human oral microbiome., Nat Commun. 2025 Aug 11;16(1):7397.
3. Sakai SA, Oyoshi H, Nakamura M, Taki T, Nomura K, Hojo H, Hirata H, Motegi A, Nakamura Y, Zenkoh J, Aokage K, Hamada A, Kojima M, Kuwata T, Tsuchihara K, Akimoto T, Soh J, Mitsudomi T, Tsuboi M, Ishii G, Suzuki Y, Suzuki A, Yamashita R, Kageyama SI., Single-cell spatial analysis with Xenium reveals anti-tumour responses of CXCL13 + T and CXCL9+ cells after radiotherapy combined with anti-PD-L1 therapy., Br J Cancer. 2025 Oct;133(6):795-808.
4. Lin NY, Fukuoka S, Koyama S, Motooka D, Tourlousse DM, Shigeno Y, Matsumoto Y, Yamano H, Murotomi K, Tamaki H, Irie T, Sugiyama E, Kumagai S, Itahashi K, Tanegashima T, Fujimaki K, Ito S, Shindo M, Tsuji T, Wake H, Watanabe K, Maeda Y, Enokida T, Tahara M, Yamashita R, Fujisawa T, Nomura M, Kawazoe A, Goto K, Doi T, Shitara K, Mano H, Sekiguchi Y, Nakamura S, Benno Y, Nishikawa H., Microbiota-driven antitumour immunity mediated by dendritic cell migration., Nature. 2025 Aug;644(8078):1058-1068.
5. Sawada K, Yamashita R, Sakai SA, Horasawa S, Yoshikawa A, Fujisawa T, Kadowaki S, Kato K, Ueno M, Oki E, Komatsu Y, Chiyoda T, Horita Y, Yasui H, Denda T, Satake H, Esaki T, Satoh T, Takahashi N, Yamazaki K, Matsuhashi N, Nishina T, Takeda H, Ohtsubo K, Ohta T, Tsuji A, Goto M, Kato T, Bando H, Tsuchihara K, Nakamura Y, Yoshino T., Microbiome Landscape and Association with Response to Immune Checkpoint Inhibitors in Advanced Solid Tumors: A SCRUM-Japan MONSTAR-SCREEN Study., Cancer Res Commun. 2025 May 1;5(5):857-870.
6. Minamide T, Minakata N, Yamashita R, Sakashita S, Yoda Y, Ohashi A, Aoshima M, Kobayashi S, Yano T., Oxygen saturation imaging elucidates tumor heterogeneity in gastric cancer., DEN Open. 2025 Feb 21;5(1):e70077.
7. Ishihara H, Yamashita R, Ishiyama R, Ikeda T, Fukuda H, Yoshida K, Hirai T, Iizuka J, Kondo T, Nagashima Y, Takagi T., Genome-wide transcriptome and DNA methylome profiling of acquired cystic disease-associated renal cell carcinoma., Pathology. 2025 Jun;57(4):495-501.
8. Sakai SA, Nomura R, Nagasawa S, Chi S, Suzuki A, Suzuki Y, Imai M, Nakamura Y, Yoshino T, Ishikawa S, Tsuchihara K, Kageyama SI, Yamashita R., SpatialKNifeY (SKNY): Extending from spatial domain to surrounding area to identify microenvironment features with single-cell spatial omics data., PLoS Comput Biol. 2025 Feb 18;21(2):e1012854.
9. Imai M, Nakamura Y, Shin S, Okamoto W, Kato T, Esaki T, Kato K, Komatsu Y, Yuki S, Masuishi T, Nishina T, Sawada K, Sato A, Kuwata T, Yamashita R, Fujisawa T, Bando H, Ock CY, Fujii S, Yoshino T., Artificial Intelligence-Powered Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 and Tumor Microenvironment Analysis in Human Epidermal Growth Factor Receptor 2-Amplified Metastatic Colorectal Cancer: Exploratory Analysis of Phase II TRIUMPH Trial., JCO Precis Oncol. 2025 Jan;9:e2400385.
10. Sakai SA, Saeki K, Chi S, Hamaya Y, Du J, Nakamura M, Hojo H, Kojima T, Nakamura Y, Bando H, Kojima M, Suzuki A, Suzuki Y, Akimoto T, Tsuchihara K, Haeno H, Yamashita R, Kageyama SI., Mathematical Modeling Predicts Optimal Immune Checkpoint Inhibitor and Radiotherapy Combinations and Timing of Administration., Cancer Immunol Res. 2025 Mar 4;13(3):353-364.
11. Okazawa-Sakai M, Sakai SA, Hyodo I, Horasawa S, Sawada K, Fujisawa T, Yamamoto Y, Boku S, Hayasaki Y, Isobe M, Shintani D, Hasegawa K, Egawa-Takata T, Ito K, Ihira K, Watari H, Takehara K, Yagi H, Kato K, Chiyoda T, Harano K, Nakamura Y, Yamashita R, Yoshino T, Aoki D., Gut microbiome associated with PARP inhibitor efficacy in patients with ovarian cancer., J Gynecol Oncol. 2025 May;36(3):e38.
12. Nakamura Y, Ozaki H, Ueno M, Komatsu Y, Yuki S, Esaki T, Taniguchi H, Sunakawa Y, Yamaguchi K, Kato K, Denda T, Nishina T, Takahashi N, Satoh T, Yasui H, Satake H, Oki E, Kato T, Ohta T, Matsuhashi N, Goto M, Okano N, Ohtsubo K, Yamazaki K, Yamashita R, Iida N, Yuasa M, Bando H, Yoshino T., Targeted therapy guided by circulating tumor DNA analysis in advanced gastrointestinal tumors., Nat Med. 2025 Jan;31(1):165-175.
13. Du J, Kageyama SI, Yamashita R, Tanaka K, Okumura M, Motegi A, Hojo H, Nakamura M, Hirata H, Sunakawa H, Kotani D, Yano T, Kojima T, Hamaya Y, Kojima M, Nakamura Y, Suzuki A, Suzuki Y, Tsuchihara K, Akimoto T., Transposable elements potentiate radiotherapy-induced cellular immune reactions via RIG-I-mediated virus-sensing pathways., Commun Biol. 2023 Aug 5;6(1):818.
14. Tanaka Y*, Yamashita R*, Kawashima J, Mori H, Kurokawa K, Fukuda S, Gotoh Y, Nakamura K, Hayashi T, Kasahara Y, Sato Y, Fuktd S., Further notice of omics profiles of fecal and oral microbiota change in irritable bowel syndrome patients with diarrhea and symptom exacerbation., J Gastroenterol. 2023 Apr;58(4):427-428. doi: 10.1007/s00535-022-01951-y. Epub 2023 Feb 7.