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情報解析支援


バイオインフォマティクス部門では共同研究の下、以下の解析支援を実施しています。ご希望の方は、FIOC 連携支援室(Eメール:fioc-renkei and ml.res.ncc.go.jp [and をご変更ください])へご連絡ください。

情報解析支援の流れについての画像

● DNA-seq
  ▷マッピング
    ◇BWA-mem

  ▷変異検出
    ◇SNV/Indel:cisCall、Mutect2
    ◇コピー数変化:cisCall、cnvkit
    ◇構造異常:cisCall、Manta

  ▷注釈付け
    ◇ANNOVAR, VEP
    ◇OncoKB, Cancer Genome Interpreter
● RNA-seq
  ▷マッピング
    ◇STAR

  ▷遺伝子発現量算出
    ◇FPKM, TPM

  ▷DEG(differentially expressed genes)解析

● ChIP-seq
  ▷マッピング
    ◇Bowtie2

  ▷ピークコール
    ◇MACS

● メチル化アレイ
  ▷ベータ値・M値からの解析

● その他の次世代シークエンス・データ解析
  ▷TMB(tumor mutation burden)

  ▷変異シグネチャー解析
    ◇SigProfiler

  ▷MSI(microsatellite instability)
    ◇MSIsensor

  ▷HRD(homologous recombination deficiency)
    ◇ShallowHRD, ScarHRD

● 各種データ解析
  ▷クラスタリング解析
    ◇hclust, k-means, 系統樹

  ▷次元圧縮解析
    ◇PCA, MDS, tSNE, UMAP

  ▷パスウェイ・GO(gene ontology)解析
    ◇DAVID

  ▷GSEA(gene set enrichment analysis)
    ◇MSigDB

  ▷生存時間分析
    ◇カプランマイヤー曲線
    ◇log-rank 検定
    ◇Cox 回帰

  ▷機械学習
    ◇Random Forest, xgboost
    ◇LASSO/ridge 回帰、ガウス過程回帰

  ▷その他データ解析
    ◇多変量解析、分散分析、各種検定・推定

  ▷その他応相談

* 依頼データについては、解析終了後3ヶ月を目処に廃棄します。
* NCC内のクラスタ計算機を使用します。また、必要に応じて東大医科研スーパーコンピュータ、クラウド上計算環境を使用する事も可能です。