バイオインフォマティクス部門では共同研究の下、以下の解析支援を実施しています。ご希望の方は、FIOC 連携支援室（Eメール：fioc-renkei and ml.res.ncc.go.jp [and をご変更ください]）へご連絡ください。

●　DNA-seq
　　▷マッピング
　　　　◇BWA-mem

　　▷変異検出
　　　　◇SNV/Indel：cisCall、Mutect2
　　　　◇コピー数変化：cisCall、cnvkit
　　　　◇構造異常：cisCall、Manta

　　▷注釈付け
　　　　◇ANNOVAR, VEP
　　　　◇OncoKB, Cancer Genome Interpreter
●　RNA-seq
　　▷マッピング
　　　　◇STAR

　　▷遺伝子発現量算出
　　　　◇FPKM, TPM

　　▷DEG（differentially expressed genes）解析

●　ChIP-seq
　　▷マッピング
　　　　◇Bowtie2

　　▷ピークコール
　　　　◇MACS

●　メチル化アレイ
　　▷ベータ値・M値からの解析

●　その他の次世代シークエンス・データ解析
　　▷TMB（tumor mutation burden）

　　▷変異シグネチャー解析
　　　　◇SigProfiler

　　▷MSI（microsatellite instability）
　　　　◇MSIsensor

　　▷HRD（homologous recombination deficiency）
　　　　◇ShallowHRD, ScarHRD

●　各種データ解析
　　▷クラスタリング解析
　　　　◇hclust, k-means, 系統樹

　　▷次元圧縮解析
　　　　◇PCA, MDS, tSNE, UMAP

　　▷パスウェイ・GO（gene ontology）解析
　　　　◇DAVID

　　▷GSEA（gene set enrichment analysis）
　　　　◇MSigDB

　　▷生存時間分析
　　　　◇カプランマイヤー曲線
　　　　◇log-rank 検定
　　　　◇Cox 回帰

　　▷機械学習
　　　　◇Random Forest, xgboost
　　　　◇LASSO/ridge 回帰、ガウス過程回帰

　　▷その他データ解析
　　　　◇多変量解析、分散分析、各種検定・推定

　　▷その他応相談

＊ 依頼データについては、解析終了後3ヶ月を目処に廃棄します。
＊ NCC内のクラスタ計算機を使用します。また、必要に応じて東大医科研スーパーコンピュータ、クラウド上計算環境を使用する事も可能です。