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築地発見伝2018年

近藤研忘年会 開催!(12月21日)

新橋で近藤研忘年会が開催されました。近藤研のメンバー、OBかつ客員研究員の菊田一貴先生、OBの喬志偉先生、客員研究員の齋藤秀先生、佐々木一樹先生、共同研究先である横浜市立大学 再生生物学研究室 小島伸彦先生、普段からお世話になっているNCCの諸先生方:高橋真美先生、増田万里先生、土屋直人先生、大木理恵子先生、吉松有紀先生、平田真先生、総勢20名が参加してくださり、盛大な会になりました。1次会の後に2次会も開催され、研究所の女性研究者飲み会を開催しようなどとの新しい企画も生まれ、楽しい時間を過ごすことができました。2018年という1年があっという間にすぎ、みんな無事に忘年会で締めくくることができました。来年も元気に張り切って頑張りたいと思います。
忘年会.png
(2018.12.26, 野口)

第9回スクリーニング学研究会に参加しました(11月30日)

当研究室で行っているスクリーニングの腕を上げるため、船堀で開催された第9回スクリーニング学研究会に参加しました。約500名の参加者の半数が製薬企業の研究者の方々で、約10施設の学術機関(大学、研究所)からも参加されていました。全体講演・企業セミナー・そしてスクリーニングに関するテーマ別のワークショップでプログラムは構成されていました。今回、私はワークショップに参加し、製薬会社の研究者や学術機関のベテラン研究者の方と、現在困っているスクリーニングについてディスカッションしました。ふだん交流のない研究所や企業の研究者とのディスカッションは貴重な体験でした。スクリーニングをより正確に行うために色々な工夫や検討を行い、自分達の方法を確立している研究者の姿に刺激を受けました。来年は自分達の研究室から演題を出したいと思います。

 (2018.12.04野口)

分子生物学会年会に参加してきました(11月28-30日)

bunsei2018_1.JPGbunsei2018_2.PNG
パシフィコ横浜で開催された第41回日本分子生物学会年会に参加して参りました。
開発中のソフトウェアについてポスター発表を行いました。多様なバックグラウンドの研究者が参加する学会でポスター数も多いためあまり興味を持ってもらえないのではないかと心配していましたが、ポスタータイムの間ほぼ人が途切れない状況で、たくさんの方とお話しすることができました。プロテオーム解析をやりこんでいらっしゃる方・がんの変異タンパク質を探している臨床の先生・目を引くポスターだったので見に来たよとおっしゃってくださった方、みなさまから本当に貴重なご助言を頂くことができ、2時間半があっという間でした。
口頭発表も多岐にとんでいて幅広く情報収集させていただきました。個人的には(学部の卒業研究のテーマがショウジョウバエの求愛行動だったので)、ショウジョウバエの求愛行動に関わる発表が多かったのが嬉しく、また研究の発展に驚きました。
年会特別企画である佐藤優氏の講演「科学に潜む宗教的思考の危うさ」は盲目的に研究を進めることや文系と理系が乖離していることへの危険性についてのお話で、感銘を受けることしきり、唸りながら聞き入ってしまいました。
研究に対する課題やモチベーションをたくさん頂いたので、平成最後の年末年始まであと少しですが気を緩めることなく研究頑張ろうと思います。(2018.12.04 服部)

全自動組織アレイがversion upされました(11月26日)

以前、このページで紹介した全自動マイクロアレイ作製装置がversion upされました。ドナーブロックやレシピエントブロックをスキャンするためのCCDカメラが、広範囲でスキャンできる仕様になりました。試しに0.6mm コアで108 穴のブロックを作製してみたところ、しっかり作製できました。そして以前のversionよりも視野が広く取れて作業しやすくなりました。これからガシガシ、ブロック作製を試したいと思います。
181126.png

上が今回作製した0.6mmコアの108穴ブロック、下は前回作製した1mmコアの15穴ブロックです。Davidさんが中央、向かって右が紀藤さん、左が田上君です。(2018.11.26 野口)

プチ壮行会(11月9日)

新メンバーを迎え、チーズタッカルビでプチ壮行会を行いました。新しい発見を目指して、ヘルシーに、マッチョに、がんばりましょう!

プチ壮行会の写真

(2018.11.13 近藤)

橋本賞 帰朝報告(11月6日)

平成29年度(第12回)日本電気泳動学会国際交流奨励賞(橋本賞)の帰朝報告を掲載します。

  • 帰朝報告(PDF:234KB)
    注:「日本電気泳動学会メール通信101」より、日本電気泳動学会・会長の許可を得て転載します。

(2018.11.6 菊田)

体力づくり(11月2日)

近藤研では今、体力づくりがブームです。
近藤先生は最近プロテインを飲んでジムに通っていらっしゃるそうです。そして、毎日8Fのオフィスまでエレベーターを使わずに階段で上り下りされています。
近藤先生のベルトの穴が日に日に変わっていくのに触発され、階段を使うメンバーが増えてきました。体育会系が多い近藤研、タイムを気にしたり階数を増やしたりと階段のぼりも熱を帯びてきているようです。
適度な運動は風邪をひかないためにもよさそうなので、文化系の私もそろそろ階段デビューしようかなあと思い始めている今日この頃です。(2018.11.2 服部)

新メンバー加入!!!!(11月1日)

11月より近藤研に新メンバーが加わりました。
清茜さんです。患者由来がんモデルを作製する研究に参加していただきます。

清茜

 (2018.11.1近藤)

新メンバー加入!!!! (10月19日)

10月より近藤研に新メンバーが2人加わりました。横浜市立大学生命環境システム科学研究科 小島伸彦研究室(外部サイトにリンクします)修士1年生の小野拓也君、東京バイオテクノロジー専門学校(外部サイトにリンクします)学部3年生の田上康太君です。バイオリアクター、組織マイクロアレイ、活性プロテオミクスなどを用いた研究に参加しています。実験技術に加え、がんの生物学を一から勉強していただきます。早々からすでに二人が大活躍!ラボを大いに盛り上げてくれています。今後が非常に楽しみな二人です。

小野君と田上君。

新メンバー2人。向かって右が小野君、左が田上君です。(2018.10.19野口)

エディテージのインタビューを受けました(10月18日)

英文校正でいつもお世話になっているカクタス・コミュニケーションズ株式会社(エディテージ)(外部サイトにリンクします)のインタビューを受けました。学術論文の投稿前にはかならず英文校正を受けています。第三者に論文の英語をチェックしてもらうのは、査読プロセスを円滑に行うためにも、また、自身の英語力の向上のためにも、よいことだと思います。 インタビューでは、研究者を志した経緯、研究内容の紹介、英語論文の執筆で心がけていること、研究の展望、若手研究者へのアドバイス、などについてお話ししました。インタビュー記事は、近日、公開予定です。

インタビュアーの近田レイラさんと。エディテージ・マスコットと共に。

インタビュアーの近田レイラさんと。エディテージ・マスコットと共に。楽しいインタビューでした。

注:本インタビューは、広報部に申請書を提出しセンターより正式に許可を得て行われました。 (2018.10.18 近藤)

ICPC, HUPO 2018に参加しました(9月29-10月3日)

HUPO2018_hat

フロリダ州オーランドで開催された、The International Cancer Proteogenome Consortiumのミーティング(ICPC, 09月29日)と、17th Human Proteome Organization World Congress(HUPO2018, 09月30日-10月03日)へ参加して参りました。
HUPO 2018では開発中のプロテオゲノミクスソフトウェアについてポスター発表し、同じような課題を抱えている研究者の方たちとディスカッションしました。RNA-Seqからの融合遺伝子の解析ソフトは何がいいだろうという話題で各国のインフォマティシャンと話し込んだり(今のところは複数使うのがベターだろうという結論になりました)、本庶先生のノーベル賞受賞のニュースを受けて「Are you from Japan? Congratulations!」と声をかけられたりと、和気あいあいとした雰囲気でした。
学会で得た情報や気づきを今後の研究に活かしていきたいと思います。(2018.10.09 服部)

第77回日本癌学会学術総会に参加しました!(9月27-29日)

大阪で開催された第77回日本癌学会学術総会に参加しました。本学術総会は、日本癌学会が主催するもので、若手研究者からベテラン研究者が日ごろ積み重ねてきた研究成果を発表されます。希少がん研究分野からは小山理恵子(写真左)・塩澤久美子(写真右)が発表しました。当研究室では、希少がんの患者由来がんモデルを作製しています。肉腫症例の手術検体から樹立した細胞株とゼノグラフト株について、小山は樹立のプロセスと樹立した株の紹介、塩澤はタンパクのプロファイルの変化について発表しました。卵巣がんや胸腺癌の患者由来がんモデルについて来年は自分が発表できるよう、いっそう気合を入れて研究に邁進したいと思いました。181009_hp.jpg
(2018.10.09,野口)


オーストラリアnow 日豪医療研究シンポジウム「Australia-Japan Medical Research Symposium」に参加しました!(9月10日)

 

オーストラリア大使館で開かれた日豪医療研究シンポジウムに参加しました。本シンポジウムは、オーストラリア全国保険医療協議会(NHMRC)と日本医療研究開発機構(AMED)の主催によるものです。シンポジウムは2部構成で、前半は日本とオーストラリアの若手研究者による講演とポスター発表で、後半はシニアの先生方の講演でした。国立がん研究センターからは希少がん研究分野と脳腫瘍連携研究分野の研究者が参加しました。私は“Novel anti-cancer drugs for pseudomyxoma peritonei: Genome, Screening and Models”というタイトルで発表しました。腹膜偽粘液腫のゲノム解析と、腹膜偽粘液腫の腫瘍検体から作製した患者由来モデルを用いたスクリーニングのプロジェクトについて紹介しました。今後もよい成果を目指して頑張りたいと思います。

 NCC_life_HP_9月_181003.jpg
(2018.09.25野口)

 
 続・組織マイクロアレイの作製(8月31日)

引き続き組織マイクロアレイの作製を試しています。今回は病理標本にて、マウス組織の場合より大きい2mm径コアでの実施です。あらかじめHE染色像でコア領域を選定し、ドナーブロックの相当部位からサンプリングしました。マイクロアレイ作製装置に搭載された画像解析システムにより、目的の場所から上手くサンプルを抜き出すことができました。マイクロアレイ作製装置の様子を動画にしましたのでご覧ください。(病理標本提供:元井紀子先生、オペレーター:宮田蒼さん、動画編集:服部、2018.8.31 小山)

組織マイクロアレイ YouTube
組織マイクロアレイ動画(音が出ます)
(YouTubeに移動します)

 

組織マイクロアレイを試しています(8月27日)

先月導入したAutoTissu10Cにて、マウス臓器のアレイを作製しました。マウス臓器はそれぞれホルマリン固定後パラフィン包埋したものを準備しました。ここから小さな組織片をパンチアウトして、何も包埋していないパラフィンのレシピエントブロックに埋め込みます。今回はそれぞれの組織を1mmで打ち抜き、9×14個のアレイを並べました。ひとつの打ち抜き~埋め込みの作業はおよそ1分を要し、すべてのアレイの作製に約2時間かかりました。アレイ後は、熱処理などを経て、通常の薄切スライドができます。装置の操作など不明な点はEverBio社のDavid氏とLineでほぼリアルタイムでフォローしてもらいました。組織マイクロアレイのドナーブロックの様相組織マイクロアレイのレシピエントブロックへ打ち込む(2018.08.27 小山)

RでIC50解析

IC50は抗がん剤の濃度を変えて細胞に投与したときに半数の細胞が死ぬ濃度で、抗がん剤の効果をみる指標として使われます。
Rのパッケージ「ic50」を使うと96ウェル/384ウェルプレートのスクリーニング結果からIC50を計算して用量反応曲線を描画することができます。

1. パッケージのインストール(初回のみ)

install.packages("ic50")

2. パッケージの読み込み

library(ic50)

3. テストデータの用意

今回はic50パッケージに入っているテストデータを使います。自前のデータを使う際はテストデータと同じフォーマットに整形しておく必要があります。

data(HCC2429_1,HCC2429_2)
write.table(HCC2429_1,file="HCC2429_1.txt",row.names=FALSE,col.names=FALSE,sep="\t")
write.table(HCC2429_2,file="HCC2429_2.txt",row.names=FALSE,col.names=FALSE,sep="\t")
data(mpi384_measure,mpi384_control,mpi384_dilution)
write.table(mpi384_measure,file="mpi384_measure.txt",row.names=FALSE,col.names=FALSE,sep="\t")
write.table(mpi384_control,file="mpi384_control.txt",row.names=FALSE,col.names=FALSE,sep="\t")
write.table(mpi384_dilution,file="mpi384_dilution.txt",row.names=FALSE,col.names=FALSE,sep="\t")

4. GUI起動

ic50()

5. 計算実行

次のように指定して「Compute」をクリックします。

  • 「Input directory」HCC2429_1.txtとHCC2429_2.txtのあるディレクトリを指定
  • 「Output directory」結果を出力するディレクトリ(無ければ作成されるので作成しておかなくて良い)
  • 「Plate format」プレートの種類・96または384を選択
  • 「Meature file」mpi384_measure.txtファイルを指定
  • 「Control file」mpi384_control.txtファイルを指定
  • 「Dilution file」mpi384_dilution.txtファイルを指定

ic50パッケージの画面

クリックして拡大

5. 結果

指定した出力ディレクトリに用量反応曲線のPDFとデータのテキストファイルが出力されます。

ic50パッケージの出力_pdf

クリックして拡大

ic50パッケージの出力_txt

クリックして拡大

IC50解析ができる有料ソフトは多々ありますが、Rなら無料で使えますので気軽に試してみてはいかがでしょうか。(2018.08.15 服部)

第69回日本電気泳動学会@北里大学に参加しました!(8月8日-9日)

台風13号が直撃した日が学会の初日だったので、雨風に吹かれながら会場に到着しました。本学術集会は、電気泳動を用いて、医学、生物学、獣医学、薬学、農学を研究される方々が発表される会です。学会の創立は1950年に遡ります。会場には学会の歴史を写真を用いて紹介するコーナーが設けられており、本学会の歴史を感じることができました。発表は学会賞・シンポジウム・ポスターセッション(若手・ベテラン)・一般演題などからなり、充実した内容でした。学会運営についても、参加者の方々からいろいろなアイディアをいただくことができました。来年、自分たちも講演会を主催するのですが、いただいたアイディアを実践で使わせていただきたいと意気込んでおります。また、当研究室のOBである菊田一貴先生や喬志偉先生が発表され、新参者の自分にとっては当研究室で以前行われた研究を知ることができました。
最後に、来年の第70回日本電気泳動学会は宮崎であるということです。聴講だけでなく、なにかデータを発表して参戦したいと思いました。 (2018.08.20野口)

HP_180820.png

研究所納涼会若手研究セミナーで肉腫モデル成果物を発表しました(2018年8月8日)

若手研究会主催の納涼会で肉腫モデルの研究を発表しました。我々が作成した肉腫モデル(PDX約40及び細胞株約30)のリストと、手術摘出検体のモデル間での生化学的変化、さらに、細胞株がFDA承認薬に感受性を示すかスクリーニングを行った結果を示しました。今後はより生体に近いマウスでの試験をおこなうべきだ、という意見を頂戴しました。

他の研究室からもたくさんの発表がありましたが、がんの悪性化に関わるアミノ酸の代謝の研究、特発性肺線維症に関わるmiRNAの研究は特に興味深かったです。(2018.08.14 小山)

Bruker主催の『MaxQuant講習会』に参加いたしました(2018年8月6日・7日)

Bruker主催の『MaxQuant講習会』に参加いたしました。
MaxQuantは、プロテオミクス解析ソフトウェアです。本ソフトウェア開発者であるMax Planck Institute のJürgen Cox先生らから、最新のMaxQuantについて講義を受けた後、各自課題に取り組みました。実践を通してMaxQuantへの理解を深めることができた2日間でした。

今後のオミクス解析に導入していきます。(2018.08.08 塩澤)

全自動の組織マイクロアレイ装置を導入しました(7月30日)

Auto Tiss 10C導入時の記念撮影

AutoTiss 10C導入時の記念撮影(David氏(EverBio社)と共に)

全自動の組織マイクロアレイ装置を導入しました(7月30日)
組織マイクロアレイは、複数の組織切片を一枚のスライドグラスにアレイする技術で、たとえば何100症例分もの病理切片を一度に免疫染色するために使用されます。従来は一つ一つサンプルを手動で扱っていたので、組織マイクロアレイの作製にはたいへんな労力を要していました。また、作業効率や出来不出来がオペレーターの習熟度や技術適性に依存してしまい、コンスタントに組織マイクロアレイを作製するのはなかなかたいへんでした。今回導入したのは、EverBio社(外部サイトにリンクします)が開発した、組織マイクロアレイのブロックを全自動で作製する装置です。今までの労力から解放されることを期待して、これからいろいろな局面で活用してみたいと思います(2018.08.03 近藤)

国内版バイオハッカソン(7月15-20日)に参加しました

バイオハッカソン会場から眺める夕日
バイオハッカソン会場から眺める夕日

ハッカソンはハック(hack)+マラソン(marathon)の意味で、合宿形式でシステムの開発などを行うイベントです。バイオハッカソンはライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が主催するライフサイエンス系のハッカソンで、国際版と国内版があります。2018年7月15-20日に徳島で開催された第9回 国内版バイオハッカソン BH18.7 に参加してきました。

バイオハッカソンでは各自が自分の課題に取り組みます。データをRDF化してSPARQLで横断検索するセマンティックウェブに関するものが多かったですが、前回のハッカソンから質量分析系のインフォの方も加わったため、プロテオーム系の課題もありました。

私は自分のプログラムの機能追加と、某「正確で漏れのないペプチド配列検索技術」のDB作成を少しお手伝いさせて頂きました。風呂と食事と睡眠以外は気のすむまでプログラムを書いていていいという贅沢な一週間でした。(2018.07.21 服部)

我が研究室主催の講演会「新しい治療法の開発を目指す患者由来がんモデル」@国立がんセンターに参戦いたしました!(6月27-28日)

みんなでがんばった講演会
 
我が研究室主催の講演会「新しい治療法の開発を目指す患者由来がんモデル」@国立がんセンターに参戦いたしました!
この講演会で患者由来がんモデルの研究において、第一線で活躍する研究者の方々の興味深い講演を聞くことができました。特に自分が興味を持ったのは、京都大学の玉野井先生の鶏卵を使ったがんモデルです。鶏卵1つ、65円、かつ3日で患者由来がんモデルを作製できるとは、目から卵ではなく、目から鱗でした!他にも沢山の先生方のお話を聞くことができ、自分自身もいつかデータを出せるように頑張らねばと気合をいただきました。2019年度もさらにパワーアップして開催されるということで楽しみでありますっ!(2018.07.10 野口)

紀藤さんサンプリング500本お疲れ様 & 服部歓迎会

cake500
 
あるプロジェクトでの紀藤さんのサンプリング件数が500本を超えたのと
しそびれていた私の歓迎会をして頂けるということで
みんなでキルフェボンのケーキ(近藤先生からの差し入れ)を食べました。
紀藤さんお疲れ様です!(2018.06.21 服部)